Vos premiers revenus de l'année ne paient pas d'impôt, et le taux monte au fur et à mesure. Votre prime arrive après tout le reste, donc elle est imposée au taux du haut. C'est ce qui rend la retenue si lourde le mois où vous la touchez.
Le calcul n'a rien à voir avec votre mois. Votre employeur prend ce que vous gagnez sur l'année, y ajoute la prime une seule fois, et retient la différence d'impôt entre les deux montants.
N'attendez pas de remboursement pour cette raison : le montant retenu sur votre prime est déjà le bon. Ce que la déclaration corrige, c'est une année qui ne ressemble pas à douze mois au même rythme, par exemple une embauche en cours d'année ou deux employeurs.